La muerte de L en el capitulo 25 causa euforia en unos y llanto en otros. Este suceso a dado a la aparición de dos nuevos personajes:
Tomoya Okazaki es un joven de tercer año de instituto que parece importarle poco su desempeño escolar, y sumada a su actitud conflictiva originada por problemas familiares, es marcado como “delincuente” en su escuela por la gran mayoría de sus compañeros que están más ocupados pensando en lo que harán una vez abran la escuela. Tomoya, sin amigos, oficio ni beneficio; conoce providencialmente a Nagisa Furukawa, una chica enfermiza algo lenta en los estudios que se quedó sin amigos puesto que todos ellos ya se habían graduado. Poco a poco ambos entablan amistad y mientras el joven empieza a descubrir que su escuela no era tan mal como aparentaba, empieza a conocer a mas chicas. Sin embargo, a pesar de todo, el muchacho y sus amigas guardan secretos, sueños y deseos que irán entrecruzándose.